Những ồn ào quanh câu chuyện thứ bậc xếp hạng Đại học được coi là sản phẩm “không chính thống” do một nhóm chuyên gia độc lập công bố đã khiến dư luận xôn xao. Xôn xao bởi nhiều lý do, thứ nhất nhiều trường Đại học vốn có “thâm niên” trong hệ thống giáo dục quốc dân, được Nhà nước ưu ái, hỗ trợ đầu tư lại không được vào bảng xếp hạng, thậm chí có được xếp hạng cũng ở phía cuối. Thứ hai là phương pháp do nhóm chuyên gia lựa chọn mang tính chất: định tính hơn định lượng bởi họ đã hoặc xem nhẹ yếu tố phân tầng các trường Đại học theo sứ mạng là Đại học nghiên cứu, nghiên cứu ứng dụng hay Đại học định hướng nghề nghiệp như Luật Giáo dục đại học quy định. Vì thế thay vì phải so sánh các trường trong nhóm với nhau thì họ lại lựa chọn khung tính điểm dựa trên những số liệu được cung cấp mà bản thân họ cũng cho rằng mô hình Đại học Việt Nam không thống nhất, số liệu không cập nhật, không đáng tin cậy ... Và thứ ba là sự phản ứng gay gắt từ phía các trường Đại học, cho thấy câu chuyện không chỉ dừng lại ở thứ bậc như người ta vẫn tưởng mà đã được đẩy lên ở tầm cao hơn là danh dự và chất lượng Đại học hiện nay.